倪嗣冲对袁世凯，相当的忠诚，讨袁军兴起，天下大乱，连冯国璋都有了二心，但倪嗣冲却亲自带队，南下为袁世凯效命。只是他的那些杂牌队伍，忙活半天，未曾建功，接下来，袁世凯就翘了，他只好回到安徽，可是，这时候安徽将军已经是张勋了，张勋不想跟他为了地盘开战，只是让倪嗣冲让出几个地方，允许张勋的队伍驻扎，安徽还是姓倪，但这时，倪嗣冲只好以安徽省长的身份统治安徽了。
府院之争起，倪嗣冲跟段祺瑞之间，两人相互并无好感，所以，段祺瑞召开督军团会议，来北京开会的倪嗣冲，其实开始是想讨好黎元洪来着。但是，在跟黎元洪套近乎的时候，他不该提了一个要求，要给他的一个侄子授一个中将。结果惹得黎元洪大怒，把他给骂了出去。这时候，倪嗣冲也明白了，原本北洋的老大，还是段祺瑞。然后，倪嗣冲死心塌地讨好段祺瑞了。
因为参战问题，府院之间，最终闹僵了。黎元洪竟然撤了段祺瑞总理的职务，这种撕破脸的举动，激起了北洋系督军的反弹，然而，居然是北洋的杂牌倪嗣冲反应最为激烈，他竟然派出了一支部队，到达天津，直接威胁黎元洪这个没有兵的大总统。客观上，也逼得黎元洪病笃乱投医，找来张勋做调人。
张勋跟倪嗣冲，原本关系非常好，在袁世凯时代，他们是两个队伍不接受新式编制的老式军头，倪嗣冲思想之守旧，跟张勋有的一比。但是，张勋宣布复辟之后，段祺瑞马厂誓师，立即讨伐。倪嗣冲摇身一变，又成了南方讨逆军副总司令，收编了张勋留在安徽的部队，从根上断了张勋的后路。
倪嗣冲虽然也算是一号军头，但他的队伍既不是北洋班底，也不是像张勋这种拥有虽是巡防营出身，但却比较能打人马。他能在安徽混迹这么多年，也算是一方诸侯，其实就是这种左摇右摆的身段，变色龙似的，来回变，哪个强势，就靠上哪个，方才得以安身立命。
